Andy Stanford-Clark (IBM) và Arlen Nipper (sau đó làm việc cho Eurotech, Inc.) là tác giả phiên bản đầu tiên của giao thức vào năm 1999.[6] MQTT khi đó được sử dụng để giám sát các đường ống dẫn dầu[7] trong hệ thống SCADA. Mục tiêu là tạo ra một giao thức tiết kiệm băng thông, nhẹ và sử dụng ít năng lượng pin như là một giải pháp thay thế, bởi vì khi đó các thiết bị được kết nối thông qua liên kết vệ tinh cực kỳ đắt đỏ.[8]

Vào năm 2013, IBM đã đệ trình MQTT v3.1 cho cơ quan OASIS với một điều lệ đảm bảo rằng chỉ có thể chấp nhận những thay đổi nhỏ đối với đặc điểm kỹ thuật của nó. MQTT-SN (MQTT for Sensor Networks, tạm dịch: MQTT cho Mạng cảm biến)[9] là một biến thể (variation) của giao thức chính cho các ứng dụng chạy bằng pin trên các mạng không hỗ trợ bộ giao thức TCP/IP, như Zigbee.[10] Sau khi tiếp nhận việc bảo trì các tiêu chuẩn từ IBM, phiên bản 3.1.1 với những thay đổi nhỏ[11] đã được phát hành thành tiêu chuẩn OASIS vào ngày 29 tháng 10 năm 2014.[12][13] Một bản nâng cấp quan trọng cho MQTT phiên bản 5, với một số tính năng mới được bổ sung,[14] đã được phát hành vào ngày 7 tháng 3 năm 2019.

Về lịch sử phát triển, từ "MQ" trong "MQTT" đến từ dòng sản phẩm MQ của IBM (sau đó đổi tên thành "MQSeries").[15] Tuy nhiên, giao thức cung cấp các tin nhắn theo cơ chế publish-subscribe (tên gọi publish-subscribe có thể làm người dùng nghĩ rằng giao thức sử dụng hàng đợi (queue) nhưng hàng đợi không có trong giao thức) và được thiết kế đặc biệt cho các thiết bị hạn chế tài nguyên và băng thông thấp, mạng có độ trễ cao chẳng hạn như các đường dây quay số điện thoại và liên kết vệ tinh.[16]

Trong thông số kỹ thuật ở phiên bản 3.1 được IBM mở, tên chính thức của giao thức là "MQ Telemetry Protocol (MQTT)" (tạm dịch: "Giao thức đo từ xa MQ") nhưng tên viết tắt MQTT được sử dụng rộng rãi trong tài liệu thông số kỹ thuật đó.[17] Trong tất cả các tài liệu do OASIS phát hành, giao thức này được gọi là MQTT một cách nghiêm ngặt, mặc dù bản thân ủy ban kỹ thuật được đặt tên là "OASIS Message Queuing Telemetry Transport Technical Committee".